Свою карьеру в кино Зафар начал как ассистент режиссёра, сотрудничая с кинокомпанией Yash Raj Films, где получил практический опыт на крупных студийных проектах. Его режиссёрский и сценарный дебют состоялся с романтической комедией Mere Brother Ki Dulhan (2011), которая стала коммерчески успешной и помогла ему заявить о себе как о самостоятельном авторе, способном работать с популярными жанрами и звёздным актёрским составом.

Следующим важным этапом стала криминально-приключенческая драма Gunday (2014), действие которой разворачивается в Калькутте 1970–1980-х годов. Фильм закрепил за Зафаром репутацию режиссёра, умеющего работать с масштабным повествованием и сложными характерами, а также стал заметным проектом в карьере Ранвира Сингха и Арджуна Капура.

Настоящий прорыв произошёл с выходом спортивной драмы Sultan (2016), где главную роль исполнил Салман Кхан. Картина получила положительные отзывы и стала одним из самых кассовых индийских фильмов года. Успех был закреплён экшен-триллером Tiger Zinda Hai (2017), продолжением фильма Ek Tha Tiger, который стал крупнейшим коммерческим хитом года и одним из самых успешных индийских релизов десятилетия.

В дальнейшем Зафар расширил свою деятельность, занявшись продюсированием и работой для стриминговых платформ. Он выступил создателем политического сериала Tandav (2021), снял драму Jogi (2022) о событиях 1984 года и экшен-триллер Bloody Daddy (2023). В 2024 году он выпустил научно-фантастический боевик Bade Miyan Chote Miyan, который, несмотря на высокий бюджет и звёздный каст, оказался неудачным в прокате.

В личной жизни Али Аббас Зафар окончил Kirori Mal College в Нью-Дели. В январе 2021 года он женился на Алисии Зафар, иранке, проживающей во Франции.