Эквали Кханна родилась в Калькутте, где получила школьное образование в Modern High School, а затем окончила Делийский университет. По происхождению она имеет панджабские и гоанские корни, при этом культурно идентифицирует себя как бенгалка. В зависимости от съёмочных проектов актриса живёт между Мумбаи и Калькуттой.

Её дебют в кино состоялся в 2014 году в фильме Kaun Kitne Pani Main режиссёра Нила Мадхаб Панды. В том же году она сыграла одну из ключевых ролей в Zed Plus, поставленном Чандра Пракашем Двиведи, где её партнёром стал Адил Хуссейн. Эти проекты сразу обозначили её интерес к социальному и политическому кино.

В последующие годы Кханна активно снималась в фильмах Daasdev Судхира Мишры, Satra Ko Shaadi Hai Аршада Саеда и Dear Dad, где её партнёром стал Арвинд Свами. Параллельно она появлялась в проектах с более камерным и независимым характером, включая Bioscopewallah и Angrezi Mein Kehte Hain, за который получила награду за лучшую женскую роль на OIFFA 2018.

Международное признание актрисе принесла роль Наджмы в норвежском фильме What Will People Say режиссёра Ирам Хак. Картина получила широкое признание критиков и стала официальной норвежской заявкой на премию «Оскар» в 2019 году. В 2018 году Кханна также снялась в голливудском криминальном фильме Line of Descent и исполнила заметную роль в популярной болливудской ленте Veere Di Wedding.

Помимо хинди- и англоязычных проектов, Эквали Кханна регулярно работает в бенгальском кино. В её фильмографии — Katmandu Раджа Чакраборти, Dwando Сумана Гхоша и Nirontor Чандрашиша Рэя, что подчёркивает её связь с региональным авторским кинематографом и стремление работать в разных культурных контекстах.