Его профессиональная карьера началась в театре. В 2017 году он дебютировал на сцене в адаптации пьесы Бертольта Брехта «Мать Кураж и её дети» под руководством Квасара Тхакоре-Падамси. Театр стал для него основной площадкой на несколько лет: он играл сложные и нетипичные роли, включая раба в постановке «Медея» (режиссёр — его сестра Ира Кхан), а также участвовал в спектаклях фестиваля Prithvi Theatre. В 2024 году критики обратили внимание на его сценическую свободу и пластичность, особенно после роли транс-женщины в пьесе Strictly Unconventional, где он сознательно работал с образом, далеким от привычного киногероя.

Кинодебют в главной роли состоялся лишь в 2024 году. Джунайд сыграл социального реформатора Карсандаса Мулджи в исторической драме Maharaj, основанной на реальном судебном деле XIX века. Ради роли он готовился около года: сбросил около 25 килограммов веса, изучал исторический контекст и особенности речи персонажа. Фильм вышел на Netflix после юридических задержек и вызвал сдержанно-смешанную реакцию критиков, которые отметили его серьёзный и честный подход, но указали на ещё не полностью сформированную экранную харизму.

В 2025 году Кхан впервые вышел в коммерческий прокат с романтической комедией Loveyapa, ремейком тамильского хита Love Today. Фильм не имел успеха в прокате, однако дал ему возможность показать комедийный тайминг и более лёгкую сторону актёрской игры. Сам актёр позже признал, что чувствовал себя частично неверно подобранным на роль, что подчёркивает его критичное отношение к собственным работам.

Следующим проектом Джунайда станет фильм Mere Raho, действие которого разворачивается в Саппоро, где он сыграет главную роль вместе с Сай Паллави. Проект продюсируется Аамиром Кханом и рассматривается как более зрелый этап его кинокарьеры.