Ахилендер Мишра родился в городе Сиван, штат Бихар. Он учился в Chhapra Zila School, затем окончил Rajendra College в Чхапре, получив степень бакалавра по физике с отличием. Изначально он планировал инженерную карьеру, однако рано увлёкся театром и впервые вышел на сцену в бходжпурской пьесе Gauna Ki Rat, посвящённой проблеме детских браков.

В дальнейшем он присоединился к Indian People’s Theatre Association (IPTA) и театральной группе Ekjut, где получил системную актёрскую подготовку. Первое экранное появление состоялось в телепроекте Udaan режиссёра Кавиты Чаудхари, где он исполнил небольшую, но заметную роль.

Настоящий прорыв произошёл в 1994 году, когда Мишра сыграл Крур Сингха в телесериале Chandrakanta. Этот образ сделал его всенародно узнаваемым и на годы закрепил за ним амплуа харизматичного злодея. Параллельно он начал активно работать в кино.

Его дебютом в полнометражном кино стал фильм Dharavi (1993) Судхира Мишры — картина, удостоенная Национальной кинопремии Индии. В середине 1990-х он сыграл антагониста напротив Салмана Кхана в фильме Veergati. В 1999 году его образ Мирчи Сета в Sarfarosh получил высокую оценку критиков за сдержанную, но угрожающую выразительность.

В 2001 году Ахилендер Мишра появился в роли Арджана в фильме Lagaan, номинированном на премию «Оскар», а в 2008 году исполнил роль демонического царя Раваны в телевизионной экранизации эпоса Ramayana. Эти проекты окончательно закрепили его статус одного из самых надёжных характерных актёров индийского экрана.