Нагеш Кукунур родился 30 марта 1967 года в Хайдарабаде в семье Кусумы и Сударшана. Родной язык Кукунора — телугу. С детства он увлекался кино, смотря телугу-, хинди- и англоязычные фильмы в кинотеатрах района Нараянгуда. Школьное образование он получил в Montfort School в Йеркауде, а затем окончил Османийский университет в Хайдарабаде, получив степень бакалавра в области химической инженерии.
В 1988 году Кукунор переехал в США, где продолжил образование и получил степень магистра по экологической инженерии в Georgia Institute of Technology. После окончания университета он работал экологическим консультантом в компании Trinity Consultants в Техасе и Атланте. Параллельно с инженерной карьерой он посещал кинематографические воркшопы, изучал актёрское мастерство и режиссуру в Warehouse Actor’s Theater в Атланте, постепенно подготавливая почву для перехода в кино.
Свои накопления, заработанные в США, Кукунор инвестировал в независимый фильм Hyderabad Blues (1998), который стал его режиссёрским и актёрским дебютом. Картина была снята всего за 17 дней при минимальном бюджете и основана на сценарии, написанном им в Атланте. Фильм, посвящённый теме возвращения индийцев из США на родину, был высоко оценён за реалистичность и аутентичное использование хайдарабадского урду и стал самым успешным независимым фильмом в Индии на тот момент.
После дебюта Кукунор продолжил развивать авторское кино, сняв такие фильмы, как Rockford, Iqbal, Dor, Aashayein, Lakshmi и Dhanak. Его фильм 3 Deewarein (2003) был показан в секции Indian Panorama на Международном кинофестивале Индии и демонстрировался на фестивалях в Калькутте, Лос-Анджелесе и Манчестере. За Iqbal он получил Национальную кинопремию за лучший фильм на социальную тему, а Lakshmi была удостоена зрительской награды на фестивале в Палм-Спрингс.
Особое место в его фильмографии занимает Dhanak (2016), дорожное кино для семейной аудитории, которое получило Гран-при Crystal Bear на Берлинском кинофестивале, призы детского жюри и награды на фестивалях в Монреале и в рамках программы Cinema in Sneakers. В Индии фильм был отмечен Национальной кинопремией как лучший детский фильм, окончательно закрепив за Кукунором статус режиссёра с уникальным гуманистическим почерком.
