Родился под именем Шаджи Джон в Вариссери, округ Коттаям, штат Керала. Его отец Э. Дж. Джон служил в полиции в звании помощника инспектора, мать Реджина работала медсестрой. Образование он получил в колледже St. Mary’s College в Манаркауде. Сценическую карьеру начал в знаменитом культурном центре Kalabhavan в Кочи, где сформировался как артист мимикрии и комик — классический путь для многих будущих звёзд малаяламского кино.

В кино Шаджон дебютировал в 1999 году, изначально работая дублёром тела в фильме My Dear Karadi. На протяжении нескольких лет он появлялся в эпизодических ролях и второстепенных образах, постепенно накапливая экранный опыт. Настоящий прорыв произошёл в 2013 году после выхода триллера Drishyam, где он сыграл отрицательного персонажа. Эта роль резко изменила его карьерную траекторию и закрепила за ним амплуа сильного актёра характерных и антагонистических ролей.

После успеха Drishyam Калабхаван Шаджон стал регулярно появляться в крупных проектах и быстро вошёл в число самых востребованных актёров второго плана в малаяламском кино. Он успешно совмещал комедийные, драматические и отрицательные образы, благодаря чему его фильмография начала расти особенно стремительно.

Помимо актёрской деятельности, Шаджон попробовал себя и в режиссуре. Его режиссёрским дебютом стал фильм Brother’s Day, в котором главную роль исполнил Притхвирадж Сукумаран. Проект отметил его переход от чисто актёрской карьеры к более комплексной работе в киноиндустрии.

В личной жизни Шаджон женат на Дини с 28 октября 2004 года. У пары двое детей — дочь Ханна и сын Йохан. Его брат Шибу Джон также связан с индустрией развлечений и известен как артист мимикрии и радиоведущий Voice of Kerala.