В 2023 году Бирмингемский городской университет присвоил ему почётную степень доктора наук (honoris causa) за вклад в музыку.

Шанкар Махадеван родился в районе Чембур, Мумбаи, в тамильской семье, корни которой уходят в Палакад, штат Керала. С детства он изучал классическую музыку — как хиндустани, так и карнатическую, а играть на вине начал уже в пять лет под руководством Шри Лалиты Венкатараман. Позже он обучался у Пандита Шриниваса Хале и Т. Р. Баламани.

Он окончил школу Our Lady of Perpetual Succour в Чембуре и в 1988 году получил степень бакалавра в области компьютерных наук и программной инженерии в Ramrao Adik Institute of Technology, входящем в состав Мумбайского университета. До начала музыкальной карьеры работал программистом в компании Leading Edge Systems (ныне Trigyn Technologies).

Шанкар женат и воспитывает двух сыновей — Сиддхарта и Шивама Махадеванов, которые также стали певцами.

Махадеван получил широкую известность в конце 1990-х как инди-поп-исполнитель, объединяющий карнатическую, хиндустанскую и джазовую традиции. Его альбом Breathless (1998), записанный в оригинальной манере непрерывного вокала без пауз, стал сенсацией и возглавил музыкальные чарты Индии. Этот успех открыл ему путь к киноиндустрии, где в составе трио Shankar–Ehsaan–Loy он стал автором множества хитов и награждён многочисленными премиями за музыку к фильмам на хинди, тамильском, телугу и других языках.