Мохан Раджа родился 30 мая 1974 года в Мадурае, Индия. Его отец, Мохан, является известным монтажером в тамильской киноиндустрии. Влияние отца в киноиндустрии способствовало тому, что Мохан Раджа с юных лет регулярно посещал студии, наблюдая за процессом кинопроизводства.

Режиссерский дебют Мохана Раджи состоялся в 2001 году с телугу фильмом Hanuman Junction. Впоследствии он успешно адаптировал несколько популярных телугу фильмов на тамильский язык. Его тамильский режиссерский дебют, фильм Jayam 2003 года, также положил начало актерской карьере его брата, Рави Мохана, который стал известен как Джаяма Рави. Мохан Раджа продолжил успешное сотрудничество с братом, сняв еще три коммерчески успешных ремейка: M. Kumaran S/O Mahalakshmi 2004 года, Something Something… Unakkum Enakkum 2006 года и Santosh Subramaniam 2008 года.

В 2015 году Мохан Раджа совершил значительный переход от ремейков, представив свой первый оригинальный сценарий для фильма Thani Oruvan. Этот криминальный триллер получил широкое признание критиков и стал одним из самых прибыльных тамильских фильмов того года. За работу над Thani Oruvan Мохан Раджа был удостоен нескольких наград в категории «Лучший режиссер», включая премию «Filmfare Award». Среди других его заметных работ – драма Velaikkaran 2017 года и телугу фильм Godfather 2022 года.