Маникандан родился в 1980 году в городе Усилампатти, штат Тамилнад, в семье полицейского. С самого детства он проявлял интерес к искусству, однако его путь в кинематограф не был прямым. После окончания школы он изучал автомобильную инженерию, но вскоре понял, что его истинное призвание связано с камерой. Он начал работать помощником фотографа в фотостудиях, а затем переехал в Ченнаи, чтобы попробовать свои силы в кино. В столице штата он продолжил обучение, получив диплом в области цифрового кинопроизводства в Институте кино и телевидения имени М.Г.Р. Рамачандрана.
Первые шаги в кино Маникандан делал в качестве ассистента оператора, работая над различными проектами и оттачивая мастерство постановки кадра. Его дебют в качестве режиссера состоялся с короткометражным фильмом Wind, который привлек внимание критиков и продюсеров. Настоящий прорыв случился в 2015 году, когда вышел его полнометражный дебют Kaaka Muttai. Фильм, рассказывающий о двух мальчиках из трущоб, мечтающих попробовать пиццу, получил международное признание и две Национальные кинопремии Индии. Эта работа закрепила за ним репутацию мастера реалистичного кино с гуманистическим посылом.
После грандиозного успеха первой картины режиссер продолжил исследовать разные жанры. В 2016 году он выпустил криминальную драму Kuttrame Thandanay, где главный герой страдает туннельным зрением, а затем сатирическую комедию Aandavan Kattalai. Каждая его новая работа отличается тем, что Маникандан часто сам выступает в роли оператора и сценариста, полностью контролируя визуальный и смысловой ряд. Его недавний проект Kadaisi Vivasayi, посвященный последнему фермеру в деревне, вновь подтвердил его статус одного из самых значимых режиссеров современного индийского кино, получив Национальную премию за лучший фильм на тамильском языке.
