Мукерджи считается одним из самых талантливых режиссёров своего поколения, чьи фильмы сочетают эмоциональную глубину, визуальную поэзию и современные темы.
Аян родился 15 августа 1983 года в Калькутта в семье актёра Деба Мукерджи. Его дед, Шашадхар Мукерджи, был одним из пионеров индийского кино и сооснователем студии Filmistan, которая сыграла ключевую роль в становлении Болливуда. Среди его родственников — актрисы Рани Мукерджи, Каджол и Таниша Мукерджи, а также легендарные деятели старого кино, такие как Ашок Кумар и Кишор Кумар. С юности Аян впитывал атмосферу кино и после школы в Мумбаи решил попробовать себя в профессии, став ассистентом режиссёра Ашутоша Говарикера на фильме Swades (2004), а затем — Карена Джохара на Kabhi Alvida Naa Kehna (2006).
В 2009 году Аян дебютировал как режиссёр и сценарист с фильмом Проснись, Сид, где главные роли исполнили Ранбир Капур и Конкона Сен Шарма. Картина, рассказывающая о взрослении и поиске себя, стала не только кассовым успехом, но и одним из самых выразительных дебютов десятилетия. Мукерджи получил премию Filmfare за лучший режиссёрский дебют и сразу же вошёл в число новых авторов, задающих тон в современном кино.
Следующим большим успехом стал Эта сумасшедшая молодежь (2013) — романтическая драма о любви, дружбе и выборе пути. Фильм стал одним из самых кассовых в истории Болливуда и принёс Мукерджи вторую номинацию на Filmfare Award за лучшую режиссуру. Его умение соединять масштабное зрелище с искренними человеческими эмоциями сделало ленту культовой среди молодёжи.
В 2022 году Мукерджи представил грандиозный проект Брахмастра: Часть первая — Шива (Brahmāstra: Part One – Shiva) с Ранбиром Капуром, Алией Бхатт и Амитабхом Баччаном. Картина стала первым фильмом из трилогии и частью вымышленной вселенной «Астраверс», вдохновлённой индийской мифологией. Несмотря на смешанные отзывы, фильм стал блокбастером и самым кассовым хинди-фильмом года. Аян вновь получил номинацию на Filmfare Award и укрепил репутацию режиссёра-визионера, способного соединить традиции и современные визуальные эффекты.
В 2025 году он снял Бой 2 — шестую часть вселенной YRF Spy Universe с Ритиком Рошаном, НТР младшим и Киарой Адвани. Это была его первая работа вне Dharma Productions. Несмотря на неоднозначную критику, фильм стал третьим по кассовым сборам в Индии за год. Сейчас Мукерджи работает над продолжениями Брахмастры, которые запланированы к выходу в 2026 и 2027 годах.
