Никхат Хуссейн Кхан родилась 4 августа 1962 года в Мумбаи в мусульманской семье, тесно связанной с индийской киноиндустрией. Её отец — Тахир Хуссейн, актёр, режиссёр, продюсер и сценарист, мать — Зинат Хуссейн. Она старшая из четырёх детей; её братья — Аамир Кхан и Фейсал Кхан, а сестра — Фархад Кхан Датта. Семья имеет афганские корни из Герата, а дед по отцовской линии был школьным учителем пуштунского происхождения.

Родственные связи Никхат Кхан выходят далеко за рамки ближайшей семьи. Её дядя — легендарный продюсер и режиссёр Насир Хуссейн, двоюродный брат — Мансур Кхан, режиссёр фильма Qayamat Se Qayamat Tak, а его дочь — актриса Зейн Мари Кхан. Актёр Имран Кхан является сыном её двоюродной сестры Нузхат Кхан. Кроме того, её двоюродным дедом был Маулана Абул Калам Азад — видный мусульманский мыслитель и первый министр образования Индии, а политик Наджма Хептулла — родственница по линии отца.

Никхат замужем за Сантошем Хегде, выходцем из тулу-язычной семьи из Карнатаки, который ранее занимал пост генерального директора фармацевтической компании в Пуне. Их знакомство произошло во время отдыха в национальном парке Рантхамбор, после чего последовал недолгий период ухаживаний и брак. У пары есть дочь Сехер Хегде, а также тёплые отношения с приёмным сыном Сантоша — Шраваном.

В течение 14 лет Никхат с семьёй жила в Пуне, однако после выхода мужа на пенсию переехала в Мумбаи, чтобы заботиться о пожилой матери и сосредоточиться на актёрской деятельности. Её карьера в кино получила неожиданное развитие именно в этот период: она стала регулярно появляться в фильмах и рекламе, сформировав узнаваемый экранный образ элегантной женщины среднего возраста.