Родился он в семье, тесно связанной с кино. Его отец, М. Р. Сантханам, был актёром и продюсером, одним из первых членов профсоюза артистов Nadigar Sangam. Брат, Р. С. Шиваджи, также стал известным актёром, а сын, Санджай Бхарати, пошёл по стопам отца, выбрав режиссуру. Таким образом, Сантхана Бхарати принадлежит к целой династии, посвятившей себя кинематографу.
Начинал он как ассистент режиссёра у легендарного С. В. Шридхара, после чего стал соавтором П. Васу, с которым снял ряд успешных картин — Panneer Pushpangal (1981), Madhu Malar (1981), Mella Pesungal (1983), Sahasame Jeevitham (1984) и Needhiyin Nizhal (1985). Их сотрудничество было плодотворным, хотя вскоре творческие взгляды разошлись, и оба решили идти своими путями.
Настоящая зрелость Сантханы Бхарати проявилась в режиссуре. Его драма Gunaa (1991) с Камалом Хаасаном стала не просто фильмом, а культовым произведением, соединившим лирику, психологию и философию безумия. Картина получила третью премию штата Тамил-Наду за лучший фильм и до сих пор считается одной из самых глубоких работ индийского кино.
Следующий его шедевр, Mahanadhi (1994), вновь объединил его с Камалом Хаасаном и принес Национальную кинопремию за лучший тамильский фильм. Эта история о человеческом страдании, социальной несправедливости и личном искуплении сделала Бхарати режиссёром, которого уважают за честность и гуманизм.
Помимо режиссуры, Сантхана Бхарати много работал как актёр, появляясь в фильмах разных жанров — от комедий до драм. Его характерные роли всегда отличались естественностью и глубиной.
