Он родился 9 января 1974 года в Мумбаи в знаменитой кинематографической семье. Его отец — поэт, сценарист и автор песен Джавед Ахтар, мать — сценарист и режиссёр Хани Ирани, а мачеха — актриса и режиссёр Шабана Азми. С ранних лет Фархан рос в среде, тесно связанной с кино, литературой и музыкой, что напрямую повлияло на его будущую карьеру.
Режиссёрский дебют Ахтара состоялся в 2001 году с фильмом Dil Chahta Hai, который стал культурным переломом для хинди-кино. Картина предложила новый взгляд на городскую молодёжь, дружбу и отношения и до сих пор считается одним из самых влиятельных индийских фильмов. Успех закрепили режиссёрские проекты Lakshya и дилогия Don с Шах Рукх Кханом.
Как актёр Фархан получил признание благодаря ролям в Rock On!!, Zindagi Na Milegi Dobara, Bhaag Milkha Bhaag, Dil Dhadakne Do и Toofan. Его актёрские работы часто строятся на образах внутренне сложных, ищущих себя героев, а фильм Bhaag Milkha Bhaag принёс ему Национальную кинопремию за лучший актёрский состав.
Параллельно он активно развивает музыкальную карьеру как вокалист рок-группы Farhan Akhtar Live, выступая с концертами по всему миру. В качестве продюсера он вместе с Ритешем Сидхвани управляет компанией Excel Entertainment, стоящей за множеством коммерчески успешных и жанрово значимых фильмов и сериалов.
Фархан Ахтар также известен своей общественной позицией. Он является основателем движения MARD (Men Against Rape and Discrimination), направленного на борьбу с насилием и дискриминацией женщин. В личной жизни он был женат на Адхуне Бхабани, а в феврале 2022 года вступил в брак с Шибани Ахтар.
