Милинди Гунаджи родился 23 июля 1961 года в Бомбее, ныне Мумбаи, штат Махараштра, Индия. Его актерская карьера началась в 1993 году с фильма Papeeha. Со временем он снялся в более чем 250 фильмах, зарекомендовав себя как универсальный исполнитель.
Значимой вехой в его карьере стала роль в фильме Fareb 1996 года, где он воплотил образ инспектора Индраджита Саксены, за что был номинирован на премию Filmfare за лучшую отрицательную роль. В последующие годы Милинди Гунаджи активно снимался в таких заметных картинах, как Virasat 1997 года, Hazaar Chaurasi Ki Maa 1998 года, Devdas 2002 года, Phir Hera Pheri 2006 года, The Ghazi Attack 2017 года и телесериале Rudra: The Edge Of Darkness 2022 года.
Помимо работы в хинди- и маратхи-кинематографе, Гунаджи также появлялся в южноиндийских фильмах, сыграв важные роли в тамильском фильме Aalavandhan 2001 года и телугу-фильме Krishnam Vande Jagadgurum 2012 года.
Его деятельность не ограничивается актерством. Милинди Гунаджи также известен как модель, телеведущий, писатель и автор. Он вел программу о путешествиях «Бхатканти» на канале Zee Marathi, а также программу «Откройте для себя Махараштру».
Как писатель, Милинди Гунаджи является автором 12 книг, включая «Маджхи Мулукгири» 1998 года, которая представляет собой сборник его еженедельных колонок из маратхи-ежедневника Loksatta.
Он также является увлеченным фотографом, проводившим персональные выставки, и был назначен послом бренда лесов и дикой природы правительства штата Махараштра. В настоящее время он также является послом бренда горной станции Махабалешвар.